تعد سعة وإمكانية معالجة أنظمة معالجة مياه الحاويات عاملاً رئيسيًا آخر. يجب عليك اختيار نظام بالحجم المناسب بناءً على احتياجاتك الفعلية. يتم قياس قدرة المعالجة عادةً من حيث كمية المياه المعالجة لكل ساعة أو يوم.