تتأثر جودة المياه الجوفية بالبيئة الجغرافية وبنية التربة وتركيبة الصخور والأنشطة البشرية. على سبيل المثال، قد تحتوي المياه الجوفية في بعض المناطق على تركيزات عالية من الحديد أو المنجنيز أو الكبريتيد أو الصلابة العالية، مما يؤدي إلى اصفرار المياه والرائحة والترسبات وغيرها من المشاكل.