تشمل طرق معالجة مياه الصرف الصحي الناتجة عن تربية الأحياء المائية بشكل أساسي المعالجة الفيزيائية والمعالجة الكيميائية والمعالجة البيولوجية. ويمكن استخدام تقنيات معالجة مختلفة للملوثات المختلفة الموجودة في مياه الصرف الصحي.