المطهرات الثلاثة الأكثر استخدامًا هي الكلور والأوزون والأشعة فوق البنفسجية (الأشعة فوق البنفسجية). كل مطهر له سيناريو تطبيق وتأثير فريد من نوعه في معالجة مياه الصرف الصحي، وغالبًا ما يمكن دمجها مع مطهرات أخرى