يعد التنظيف المكاني (CIP) إحدى الخطوات المهمة في صيانة نظام الترشيح الفائق. باستخدام عوامل التنظيف والمواد الكيميائية الخاصة، يمكن إزالة الأوساخ والرواسب الموجودة على سطح غشاء الترشيح الفائق بشكل فعال ويمكن الحفاظ على أداء الترشيح للغشاء.