إن جودة المياه الخام لها تأثير مهم على كمية مياه الصرف الصحي الناتجة عن نظام التناضح العكسي. كلما زادت المواد الصلبة الذائبة والملوثات والصلابة في المياه الخام، كلما زاد احتياج النظام إلى تصريف مياه الصرف الصحي لمنع انسداد الغشاء.