إن عملية معالجة الملح بعد تحلية مياه البحر قد يكون لها تأثير معين على البيئة المحيطة. على سبيل المثال، قد تؤثر عملية تصريف الأملاح على توازن النظام البيئي البحري ولها تأثير معين على الكائنات الحية والنباتات في المناطق البحرية المحيطة. ولذلك يتعين على محطات تحلية مياه البحر اتخاذ التدابير المناسبة للحد من تأثير انبعاثات الأملاح على البيئة.