1. الاعتماد على الطاقة 2. ارتفاع تكلفة الاستثمار الأولي 3. تلوث الغشاء والتآكل 4. قد تكون تكلفة إنتاج المياه بأنظمة تحلية المياه بالطاقة الشمسية أعلى 5. قد يكون لمحطة تحلية المياه بالطاقة الشمسية تأثير معين على موارد المياه المحلية