يشير نظام تطهير المياه إلى نظام يستخدم الطرق الكيميائية لمهاجمة الجراثيم (مثل البكتيريا والفطريات) والفيروسات الموجودة في الماء والقضاء عليها. ويضمن سلامة مياه الشرب عن طريق إضافة مطهرات محددة لقتل الكائنات الحية الدقيقة في الماء.